Master, Parcours : Computational and mathematical biology (CMB)

Semestre 1

• Bases de données

  (6 crédits)

  • Enseignante : Nadia Creignou
  • Volume : 60 heures (20h de cours, 20h de TD, 20h de TP).
  • Objectifs : L’algèbre relationnelle. La définition et la manipulation des données avec le langage SQL. Le modèle relationnel et la théorie de la conception relationnelle. La modélisation conceptuelle : méthode Merise.
  • Chapitres :
    • Algèbre relationnelle
    • SQL
    • Dépendances fonctionnelles et normalisation
    • Schéma conceptuel

• Programmation en langage C

  (6 crédits)

  • Enseignants : Karim Nouioua et Jean-Marc Boï
  • Volume : 60 heures (20h de cours, 20h de TD, 20h de TP).
  • Objectifs : Maîtriser l’utilisation du langage C pour réaliser la mise en oeuvre d’algorithmes et le développement d’applications de petite taille.
  • Chapitres :
    • Types primitifs, expressions et instructions du langage C
    • Variables statiques, automatiques, dynamiques
    • Fonctions
    • Variables globales et locales. Paramètres des fonctions
    • Récursivité
    • Types dérivés, tableaux et matrices, structures et unions
    • Pointeurs
    • Entrées-sorties et traitement des fichiers
    • Pré-processeur. Compilation séparée

• Système UNIX

  (3 crédits)

  • Enseignant : Jean-Luc Mari
  • Volume : 30 heures (10h de cours, 10h de TD, 10h de TP).
  • Objectifs : A l’issue de cet enseignement l’étudiant doit être capable de travailler sur un système UNIX et utilisant toutes les ressources disponibles (scripts, volumes, processus, développement, édition de texte).
  • Chapitres :
    • Unix, caractéristiques, historique et premier contact
    • Le système de fichiers UNIX (volumes, fichiers, répertoires)
    • Gestion des processus (exécution, contrôle et démons)
    • Le Bourne Shell (programmation et raccourcis)

• Java

  (6 crédits)

  • Enseignant : Karim Nouioua
  • Volume : 60 heures (20h de cours, 20h de TD, 20h de TP).
  • Objectifs : Initiation à la programmation orientée objets et au langage Java.
  • Chapitres :
    • Programmation orientée objets ; classes, variables, méthodes ; packages
    • Héritage, superclasses, interfaces ; polymorphisme
    • Bibliothèque standard ; collections, entrées-sorties
    • Interfaces graphiques homme-machine. Bibliothèque JFC/Swing
    • Environnements de développement, applications
  • Ressources : Polycopié sur le langage Java (175 pages), site web consacré à cet enseignement.

• Langages du Web

  (6 crédits)

  • Enseignant : Frédéric Béchet et Bertrand Estellon
  • Volume : 60 heures (20h de cours, 20h de TD, 20h de TP).
  • Objectifs : [NC]
  • Chapitres :[NC]
  • Ressources : [NC]

• Anglais

  (3 crédits)

  • Enseignants : Thomas Grainger et Alain Dal Molin
  • Volume : 30 heures.
  • Objectifs : L’anglais étant devenu incontournable dans les milieux professionnels, les étudiants de la spécialité C.C.I. prépareront le TOEIC pour leur permettre de justifier de leur maîtrise de la langue, et parallèlement s’entraîneront à la prise de parole en réunion ou la pratique de présentations audio-visuelles avec des enseignants anglophones d’Europe et d’Amérique du Nord.
  • Ressources : Laboratoire de langues pour l’anglais.

Semestre 2

• Deux options à choisir parmi les trois suivantes

  Option 1 : Développement sur plateformes mobiles tactiles
  
  (3 crédits)

  • Enseignant : Bertrand Estellon
  • Volume : 30 heures (10h de cours, 10h de TD, 10h de TP).
  • Objectifs : Développement sous Android pour créer des appliczations mobiles (smartphones, tablettes).
  • Chapitres : [NC]
  • Ressources : Site web consacré à cet enseignement.

  Option 2 : Types de données et algorithmes
  
  (3 crédits)

  • Enseignant : Jean-Marc Boï
  • Volume : 30 heures (10h de cours, 10h de TD, 10h de TP).
  • Objectifs : L'objectif de cette option est pour partie de présenter d'une façon générale des types de données (tels que les piles, les files, les arbres binaires) ainsi que leurs utilisations dans des mises en œuvre informatiques courantes. La présentation et la programmation en langage C des algorithmes supports de ces utilisations peuvent être vues comme un approndissement du cours "Programmation en langage C".
  • Chapitres :
    • Piles : définition, propriétés, représentations et utilisations
    • Files : définition, propriétés, représentations et utilisations
    • Arbres binaires : définition, représentations et utilisations
    • Algorithmes non déterministes

  Option 3 : Algorithmique graphique
  
  (3 crédits)

  • Enseignants : Jean Sequeira
  • Volume : 30 heures (10h de cours, 10h de TD, 10h de TP).
  • Objectifs : [NC]
  • Chapitres :[NC]
  • Ressources : [NC]

• Projet industriel

  (6 crédits)

  • Enseignant responsable : Jean-Luc Mari
  • Enseignants impliqués : Karim Nouioua, Jean-Marc Boï, Bertrand Estellon, Frédéric Béchet, Jean Sequeira et Jean-Luc Mari
  • Volume : 120 heures.
  • Objectifs : L’objet de cette unité est la réalisation par l’étudiant d’un projet industriel par groupes de 4 ou 5.
  • Evaluation : Remise de rapport et de CD-ROM contenant le code source. Evaluation sur présentation orale devant un jury composé d’enseignants de la formation.

• Stage en entreprise de quatre mois

  (18 crédits)

  • Responsables : Nicolas Hoareau
  • Durée : 4 à 6 mois.
  • Objectifs : Stage en entreprise d’une durée minimale de quatre mois sur un sujet ayant un rapport avec la formation. Le stage est validé par la rédaction d’un mémoire et une présentation orale.

• Avant le stage

  Nicolas Hoareau, enseignant associé au Département Informatique, supervise le déroulement des stages. C’est à lui que vous aurez à faire, avant le stage et pendant le stage. Il vous est demandé impérativement de prendre contact avec lui (nicolas.hoareau@univ-amu.fr) pour lui communiquer toutes les informations pratiques relatives au stage que vous avez trouvé et discuter avec lui de la validité (ou de la ré-orientation possible) de votre sujet de stage.

  Il est rappelé que le stage doit vous permettre, en même temps que d’établir un lien avec le milieu professionnel, de mettre en œuvre dans un cadre applicatif vos acquis scientifiques de cette année de formation. Il doit donc, en particulier, avoir une composante informatique qui dépasse le cadre de la simple utilisation de logiciels.

• Soutenance de stage

  Les présentations des rapports de stage auront lieu début septembre (les dates seront communiquées par mail) dans un amphi que sera précisé ultérieurement.

  Chaque stagiaire disposera d’un créneau de 15mn, chaque présentation étant prévue sur 10mn (avec 5mn pour les questions). Un vidéo projecteur sera mis à disposition pour la présentation (mais pas un ordinateur).

  Au moment de la soutenance, chaque stagiaire devra remettre un exemplaire de son mémoire (sur papier). Vous devez y présenter l’entreprise, le stage, etc. et en particulier votre réalisation durant ce stage. Ce document devra être d’une trentaine de pages environ (pas moins de 20 et pas plus de 40) ; il est préférable qu’il soit suffisamment synthétique et ne contienne pas de "bouts de codes", etc. (sauf si ça se justifie vraiment). Si vous pensez que des informations annexes (code, données,…) sont vraiment utiles, vous pouvez les communiquer avec le document sous forme électronique (seulement).

  Si on peut admettre que le rapport écrit s’adresse aux initiés, n’oubliez pas que l’exposé oral doit chercher à intéresser un auditoire de non-spécialistes : vos camarades, la prochaine promotion du CCI, les enseignants, etc. Résistez à la facilité de faire un exposé avec des détails trop techniques ou trop nombreux.

  Consultez régulièrement votre courrier électronique et les pages web du CCI : toutes les informations utiles vous y seront adressées.

  Si votre responsable de stage tient à vous accompagner à la soutenance, ne manquez pas de lui signaler que nous ne disposerons malheureusement que de peu de temps et qu’il ne doit donc pas s’attendre à ce qu’on consacre au stage qu’il a encadré tout le temps qu’il mériterait.

  La soutenance du stage est obligatoire pour l’obtention du Master. Néanmoins, en cas d’empêchement grave, dûment justifié, contactez-moi par mail suffisamment à l’avance afin que nous trouvions une solution de remplacement.

  Le jour de la soutenance, vous devez remettre une attestation de stage établie par l’entreprise ou l’organisme qui vous a accueilli.

  L’attestation officielle (provisoire) et, plus tard, le diplôme du Master, vous seront délivrés par le sécrétariat du Master CCI lorsque votre stage aura été validé. En tous cas, pas avant fin septembre.