Master CMB, Parcours : Bio-informatique

CMB est un parcours orienté vers l'analyse et la modélisation des systèmes biologiques complexes, et ouvert à l'international à travers la graduate school du Centre Turing des systèmes vivants (CENTURI). Ce parcours est commun aux Masters de mathématiques et de biologie, et vise à réunir des étudiants d'horizons divers à fort potentiel et à profiter des synergies interdisciplinaires afin de les former à ce domaine scientifique de pointe en plein essor.

CMB propose ainsi une formation par et pour la recherche, avec de forts débouchés en thèse de doctorat, mais également dans les nombreuses entreprises du domaine ayant une politique marquée vers la R&D.

Au sein du Master en bioinformatique, le parcours CMB mettra l'accent sur l'analyse de réseaux d'interactions impliqués dans différents types de processus biologiques (développement embryonnaire, système nerveux, réponse immune) afin de décrypter les relations entre la structure de ces réseaux et les comportements des systèmes complexes.

Ce Master étant un parcours d'études hautement sélectif axé sur la recherche, un BSc en biologie ou éventuellement en informatique obtenu avec mention est requis. Les étudiants titulaires d'un BSc en biologie doivent avoir déjà suivi une spécialisation en mathématiques ou en informatique. Une bonne maîtrise de l'anglais est obligatoire : les cours sont dispensés en anglais et le master est ouvert à l'international.

Comme ce Master est destiné aux étudiants s'orientant vers la recherche, une licence en sciences de la vie (ou domaines apparentés) avec Mention est requise.

Ce Master est structuré en 2 parcours de 2 ans  transverses à 3 mentions :

• Modélisation mathématique  or Statistique (Mention Mathématiques et Applications ou Mention Mathématiques appliquées, Statistique)
  
  
•  Biologie computationnelle (Mention Bio-informatique).

 Ces 2 filières amènent les étudiants à relever les nouveaux défis en lien avec les systèmes biologiques complexes.

• SCIENCES, Marseille Luminy

La formation s'appuie sur les activités et les compétences des laboratoires de recherche membres du centre Turing des systèmes vivants (CENTURI).

Tous les étudiants acquerront les bases biologiques nécessaire à la compréhension des principaux challenges actuels en biologie, les outils mathématiques pour la modélisation des systèmes vivants (systèmes dynamiques discrets et continus), les outils statistiques pour l'interprétation des données biologiques. D'autres cours en informatique leur seront donnés en vue de leur permettre de simuler efficacement les modèles.

Les étudiants de la filière bioinformatique approfondiront leur connaissance en analyse des réseaux d'interaction impliqués dans le fonctionnement et la régulation de différents processus biologiques (développement embryonnaire, système nerveux, réponse immunitaire) afin de comprendre la relation entre la structure des réseaux et le comportement des systèmes biologiques complexes.

Pour tous les étudiants. Collaborer à une action/activité de recherche au sein d'une équipe interdisciplinaire. Utiliser et maîtriser les méthodes et outils statistiques pour analyser les données biologiques expérimentales et pour permettre la confrontation entre modèles mathématiques et systèmes biologiques.

Pour les étudiants en biologie. Maîtriser les concepts de biologie nécessaires à la modélisation des systèmes vivants. Savoir élaborer et mettre en œuvre des modèles mathématiques permettant de simuler le comportement dynamique de systèmes biologiques (équations différentielles, stochastiques, systèmes dynamiques discrets).

Disposer d'une expérience de recherche collaborative entre un laboratoire de biologie expérimentale et un laboratoire de biologie théorique (bioinformatique, informatique, statistique).

Au travers de projets de groupes et de stages en laboratoire, les étudiants seront amenés à mettre en oeuvre des approches interdisciplinaires, et à interagir directement avec les chercheurs des instituts membres du Centre Turing des Systèmes Vivants (CENTURI).

Les étudiants du Master CMB doivent effectuer deux stages au cours de leur Master :

- Un stage d'au moins six semaines, pendant la première année du Master.

- Un autre stage d'une durée de 4 à 6 mois au cours de la deuxième année du Master.

Les stages à l'étranger sont possibles en M2.

Le Master Computational and Mathematical Biology est enseigné en anglais. Il combine des cours théoriques et pratiques de mathématiques, informatique et biologie, et propose une formation interdisciplinaire orientée vers la modélisation des systèmes biologiques complexes.

Le Master CENTURI de Biologie Informatique et Mathématique débouche sur un diplôme d'Aix-Marseille Université et prépare les étudiants à la recherche scientifique. Avec ce Master, les diplômés pourront postuler sur des contrats de doctorants ou d'ingénieur de recherche dans des instituts de recherche internationaux dans les domaines de l'analyse de données, la modélisation de systèmes biologiques, l'analyse de réseaux d'interactions, etc.

Les diplômés ont également la possibilité d'intégrer les départements R&D d'entreprises privées dans le domaine de la santé, de la pharmacologie, des biosystèmes et plus généralement pour travailler sur des problématiques de big data.

 Avec ce master, les diplômés pourront postuler sur des contrats de doctorants ou d'ingénieur de recherche dans des instituts de recherche internationaux dans les domaines de l'analyse de données, la modélisation de systèmes biologiques, l'analyse de réseaux d'interactions, etc.

Le master CMB est une des nombreuses activités de l'institut de convergence (CENTURI), Turing Centre for Living Systems, un projet interdisciplinaire localisé sur le campus de Luminy à Marseille (France). https://centuri-livingsystems.org

Le master comprend 4 Ues de pré-professionalisation. Une des Ues a pour objectifs la découverte de parcours professionnels à l'interface des mathématiques et de la biologie. Deux autres Ues permettent aux étudiants de découvrir de défis actuels de la recherche dans ces thématiques interdisciplinaires en incitant les étudiants à participer aux séminaires de l'institut de convergence CENTURI . Ces trois Ues sont une source d'inspiration pour leur recherche de stage. Enfin, une derniere Ues initie les étudiants à la lecture et écriture d'articles scientifiques.

Les étudiants peuvent effectuer leur stage de deuxième année à l'étranger.

Secrétariat pédagogique :

• sciences-luminy-scol-lp-masters-a@univ-amu.fr
  Aix-Marseille Université, Campus Luminy. Bâtiment TPR1.
  163 av. de Luminy. case 901. 13009 Marseille.

Les étudiants sont sélectionnés sur dossier (étude en France ou e-candidat) et eventuellement sur entretien oral.

La lettre de motivation et l'entretien oral le cas échéant devront témoigner du fort intérêt pour l'interdisciplinarité mathématiques-statistique-biologie.