Master Bio-informatique

Le Master en Bioinformatique forme des étudiants capables de développer et mettre en oeuvre des outils informatiques et statistiques pour résoudre des problématiques biologiques. Il prodigue des enseignements en génomique, protéomique, phylogénie moléculaire, informatique, statistiques. Il développe des compétences en développement logiciel et analyse des données (parcours DLAD), ou en modélisation des systèmes (parcours en anglais Computational and Mathematical Biology, CMB).

The Master in Bioinformatics provides an interdisciplinary training encompassing biology (genomics, proteomics, phylogeny), computer sciences (programming, software engineering) and mathematics (dynamical systems, probabilities and statistics). It includes a 2-year training in Computational and Mathematical Biology (CMB) entirely taught in English, and oriented towards dynamical modelling of biological systems.

Pages web de la formation :

• https://formations.univ-amu.fr/ME5SBI.html
• https://bio-sciences.univ-amu.fr/master-bio-info
• https://sciences.univ-amu.fr/master-cmb

La formation recrute les titulaires d'une licence en sciences de la vie ou d'une licence professionnelle liée au domaine (génomique, bioinformatique), et des candidats à la reprise d'études (salariés, demandeurs d'emploi) ayant un parcours considéré comme équivalent par la commission pédagogique.

La formation comporte deux parcours séparés dès le M1 / This Master combines two distinct orientations :

1. Développement logiciel et analyse des données, qui mène aux métiers de bioinformaticien.ne-développeur.euse et de bioinformaticien.ne-analyste.
2. Computational and Mathematical Biology, entirely taught in English, which combines courses of mathematics, computer sciences and biology, providing an interdisciplinary for the modelling of complex biological systems.

Parcours Développement Logiciel et Analyse des Données (DLAD). Les étudiants acquerront une formation interdisciplinaire en biologie, informatique et statistique. Les applications biologiques incluront l'analyse de données génomiques, épigénomiques, transcriptomiques et protéomiques, évolutives, et des variations polymorphiques. La formation en informatique s'appuiera sur des cours de programmation, administration de systèmes, ingénierie logicielle, une formation aux bonnes pratiques pour la reproductibilité des résultats scientifiques, le développement de ressources bioinformatiques (bases de données, outils d'analyse) et le déploiement d'interfaces pour ces ressources. Les biostatistiques couvriront inférence statistique, analyse de données multidimensionnelles, modélisation des séquences et apprentissage automatique.

Parcours Computational and Mathematical Biology (CMB). This Master orientation will be open to an international audience and entirely taught in English. The training will be oriented towards mathematical modelling and computer-based analysis of biological systems. The Master CMB will also be accessible to students with a Bachelor level in mathematics or computer sciences, with distinct course contents. CMB students from Life Sciences will follow courses in mathematics, programming, probabilities and statistics, interdisciplinary courses in modelling of dynamical systems, as well as the main fields of applications of the research institutes involved -developmental biology, neurosciences, and immunology.

Parcours “Développement Logiciel et Analyse des Données” :

Développer une approche pluridisciplinaire qui intègre les concepts et méthodes de biologie, d'informatique, de mathématiques et statistiques afin de décrypter les mécanismes présidant au fonctionnement et à l'évolution du vivant. Ceci inclura :

• savoir analyser des données génomiques de différentes nature pour en extraire l'information pertinente, et interpréter les résultats en termes de mécanismes biologiques ou d'applications (médecine, agriculture, biotechnologie) ;
• savoir élaborer des procédures reproductibles pour l'analyse analyses de données massives (“workflows”) ;
• savoir développer un outil informatique original suivant les bonnes pratiques du domaine (programmation collaborative, gestion des versions, documentation du code et des modes d'utilisation) ;
• s'exprimer et produire des rapports scientifiques en anglais.

Parcours “Computational and Mathematical Biology (CMB)” :

At the end of the Master, students should be able to elaborate mathematical models and computer approaches to simulate the dynamical behaviour of biological networks, predict the impact of perturbations of the network topology, and identify the key elements enabling to modify system properties. They will also be able to interact with scientists from the different disciplines (mathematics, computer sciences, life sciences), take an active part to interdisciplinary research projects, and produce an oral presentation or a written report of scientific results.

• M1 : projet tutoré (6 semaines) dans un laboratoire de recherche ou une plateforme, sous la co-supervision de chercheurs (biologistes ou bioinformaticiens) et des enseignants de bioinformatique
• M2 : stage (6 mois) en laboratoire de recherche, en entreprise, ou sur une plate-forme technologique.

Pages web avec les propositions des stages dans le parcours DLAD:

• M1 DLAD: https://sciences.univ-amu.fr/en/master-1-bioinformatics-dlad-internship-proposals
• M2 DLAD: https://sciences.univ-amu.fr/en/master-2-bioinformatics-dlad-internship-proposals

Après le Master 2, les étudiants peuvent entamer un doctorat dans la même spécialité ou s'orienter vers une formation de M2 complémentaire. Le jeune diplômé peut, à l'issue du Master 2, également intégrer directement le monde du travail et occuper un des emplois listés dans la section “débouchés du Master”.

La mention de Master a établi des liens importants avec une vingtaine d'entreprises et d'instituts publics de recherche disposant de plateformes technologiques. Ces liens se concrétisent notamment par l'accueil des étudiants en stage. De plus, l'intervention dans nos enseignements de professionnalisation de personnes issues du secteur privé permet aux étudiants de construire et finaliser leur projet professionnel. Des acteurs du monde socio-économique jouent également un rôle important dans le développement et l'amélioration du contenu pédagogique du Master au travers du conseil de perfectionnement.

Pour le parcours “Développement logiciel et analyse des données”, le tronc commun dispensera des bases solides en informatique, statistiques, génomique et phylogénie moléculaire. Chaque étudiant pourra en outre renforcer ses connaissances en informatique ou en génomique par le choix d'options.

The specialisation “Computational and Mathematical biology” will provide the background in mathematics and computer sciences required to model complex biological systems.

Les responsables de la mention effectuent un suivi d'insertion professionnelle des diplômés des 5 dernières années. Le taux actuel d'insertion professionnelle est de 73% trois mois après le diplôme, 95% après 2 ans...

Nos étudiants profitent des possibilités d'échange du programme ERASMUS et nous accueillons, dans le cadre de ce programme, des étudiants européens en M1 et M2. Par ailleurs, nous développons et maintenons des échanges avec plusieurs universités étrangères.

Conformément à la réglementation nationale le Master met en place un processus de sélection pour tous les étudiants sollicitant une inscription. L‘admission en Master 1 dépend de la capacité d'accueil et est subordonnée à un examen du dossier de l'étudiant et selon les cas à un entretien.